De Jan Jans Stichting beheert een groot deel van de door Jan Jans gemaakte tekeningen, schilderijen, houtsnedes en linoleumsnedes. Daarnaast beheert de Stichting vele, door Jan Jans gemaakte foto’s op glasnegatieven, fotoboeken, divers archiefmateriaal en diverse andere objecten. De collectie is ondergebracht bij Collectie Overijssel in Zwolle.
Collectie Oudheidkamer Twente
Naast de collectie van de Jan Jans Stichting zijn circa 350 tekeningen en enkele linoleumsnedes van Jan Jans in eigendom van Oudheidkamer Twente. Deze collectie is ondergebracht bij De Museumfabriek in Enschede en is online te zien op De Atlas van Ooit. In onderstaande video wordt meer verteld over de achtergrond van deze collectie. Een andere tekening met gedicht van de Oudheidkamer Twente bevindt zich bij de Twentse Taalbank
Overige collecties
Tot slot zijn er nog enkele kleinere collecties zoals de collectie van de voormalige Stichting Historisch Boerderij Onderzoek (SHBO) bij de Rijksdienst voor Cultureel Erfgoed. De SHBO was een kenniscentrum voor de Nederlandse plattelandscultuur waar Jan Jans bouwkundige opmetingen maakte van boerderijen om de bouwstijlen vast te leggen. Verder is er bijvoorbeeld de collectie van de socialist Jan Hilvers, die getrouwd waas met de dichtster Margot Vos voor wie Jan Jans een dichtbundel illustreerde en wie zijn hout- en linoleumsnedes verzamelde.
| Rijksdienst voor Cultureel Erfgoed (collectie SHBO) | Bouwkundige opmetingen van boerderijen |
| Internationale Instituut voor Sociale Geschiedenis (collectie Jan Hilvers) | Spotprenten, hout- en linoleumsnedes |
| Historische Vereniging Hardenberg | Tekening van een stadsgezicht |
| Openluchtmuseum Ootmarsum | Enkele tekeningen |
| Stedelijk Museum Almelo | Enkele tekeningen, hout- en linoleumsnedes |
| Landgoed Twickel | Enkele portrettekeningen, en een ontwerptekening voor een glas-in-loodraam |
| Gemeentearchief Borne | Bouwtekeningen |
| Gemeentearchief Ommen | Bouwtekeningen |
| Historische Kring Boekelo-Usselo-Twekkelo | Bestektekening voor verbouwing (envelop 30) |
| Heemhuis Ootmarsum | Bouwtekeningen |
| Archief Landschap Overijssel | Bouwtekeningen |
